O značaju razumijevanja biomedicinskih ontologija u korištenju i doprinosu on-line neuroznanostima i on-line znanju za lokalne znanstvene zajednice

Z. Papeš¹, V. Kirinić Papeš², Z. Rešetar⁴

¹ Z. Papeš, prof. voditelj službe za IT KB "Sveti Duh", tajnik HUPNOZ (Hrvatske udruge za promicanje novog obrazovanja i znanja),
² V. Kirinić Papeš, prof, fonetičar i informatičar na Odjelu za fonijatriju ORL klinike KBC Zagreb,
³ mr. Z. Rešetar, predsjednik HUPNOZ-a (Hrvatske udruge za promicanje novog obrazovanja i znanja)

URL diskusije: http://hdmi.mef.hr/Diskusija-Gdje-smo-u-neurologiji-2010
 

kontakt: tel: 0913712023, 3769148, e-mail zlatko@kbsd.hr

Suočavani sa potrebom suvremene znanstvene misli za uspostavom što aktualnijeg, što cjelovitijeg, što vjerodostojnijeg, dakle i što provjerljivijeg, a danas, to znači - u on-line vremenu, globalnog dostupa eksplozivnoj produkciji istraživačkih podataka, sve više uviđamo potrebu  i za sistemskim, cjelovitim i tzv. holonskim (strukturnim integralnim) pristupom organizaciji znanja i rada, koje je još donedavno i uživo zagovarao akademik Ado Dragičević, inicijator i suosnivač udruge HUPNOZ*, a prije njega ili uz njega i erudite kao što su bili naši akademici multidisciplinarnih interesa Petar Guberina, Božo Težak, ili živući interdisciplinarci  prof. Božo Jušić, prof. dr. sc.Juraj Božičević i drugi.

(* S ciljem veće on-line dostupnosti i primjerenije informatizacije svog rada, Hrvatskog društva za neuromuskularne bolesti (HDNRMB). od postavljanja svojeg web sjedišta http://hdnrmb.mef.hr surađuje sa udrugom HUPNOZ čiji su članovi svojim znanjima i sugestijama podržali u pripremi  ustroja sjedišta. To web sjedište danas osigurava taksonomsko pretraživanje, više razina pristupa te omogućava jednostavno održavanje nudeći aktiviranje i svih drugih potencijale iz lepeze tehnologija suvremenog društvenog umrežavanja. Uspostavljeno na propulzivnom CMF-u, content management frameworku otvorenog koda pod nazivom Drupal, efikasno pruža sve danas potrebne odrednice stručnog mrežnog komuniciranja putem weba.)

Stoga, a kao prilog diskusiji na temu simpozija Gdje smo u neurologiji 2010?, pozdravljajući izlaganja cijenjenih sudionika, među njima i nekih od naših najuglednijih akademika i istaknutih znanstvenika i istraživača, smatramo značajnim dopuniti taj orijentacijski a strukovni pogled sa multisisciplinarnim, informacijskim. Naime,  kako bismo još bolje odredili gdje smo i kamo se i kako kretati, željeli bismo upozoriti kako poteškoće na koje nailaze informatički pregaoci u nas u  uspostavjanju interoperabilnosti i integralne, multigranularne povezivosti među (medicinskim) strukama, dijelom proistječu i iz nedostatnog praćenja transformatncije informacijskog reprezentiranja podataka u organizaciju on-line udruživog reprezentiranog znanja. Stoga smatramo neophodnim daleko više  senzibilizirali hrvatsku akademsku ali i sveukupnu našu odgojno-obrazovnu zajednicu o mogućnostima i potrebi aktivnog angažiranja, svake struke i u takvoj, on-line organizaciji znanja i mrežnog pristupa znanju.  Valja istaći da ovdje nikako nije (samo) riječ o popularizaciji znanja  - premda bismo bitne sastavnice tog reprezentiranja znanja -  tzv. informacijske ontologije, mogli smatrati i "pilulama koncetriranog, provjerenog znanja" (a tko ne bi htio znanje u piluli?). Međutim, posljedica njihova koristenja jei transformacija te odterećivanje nastavnog procesa, uz pružanje znanstvenicima i istraživačima najrelevantnije podrške u pregledu poznatog znanja, a mladima, smatramo i umanjivanje "osjećaja kaosa i konfuzije" o kojem upravo izvještavaju hrvatski mediji. (Danas više nitko i ne pomišlja memoritrati baš sve termine i odrednice koje donose ontologije kao što su npr. Gene Ontology GO ili Foundational Model of Anatomy FMA). Naime, osim automatiziranih postupaka njihova korištenja, razvijanju znanstvene kulture njihova korištenja, riječ je  i o potrebi za minucioznim, stručnim doprinosima on-line organizaciji provjerenih znanja  reprezentiranih na način pristupačan strojnom povezivanju. Na njihovom ustrojavanju intenzivno sudjeluju, prednjače i dugoročno planiraju svoje doprinose: biomedicina, biomedicinska informatika, neuroinformatika, neuroimaging, data annotation i brojne druge struke, o čijim su postignućima izvještavali i na simpoziju prikazani pojedinačni radovi. Od institucija spomenimo angažman Svjetske zdravstvene organizacije (WHO) u cilju podizanja Međunarodne klasifikacije bolesti u verziji ICD-11 na novu, na semantičkim tehnologijama zasnovanu razinu, već petgodišnji doprinos NCBO-a (američkog Nacionalnog centra za biomedicinske ontologije) - međunarodnog konzorcija istraživača "s misijom i vzijom unapređenja ljudskog zdravlja razvojem tehnologija i infrastrukturw koje ubrzavaju biomedicinska istraživanja" sa web sjedištem na kojem je svima dostupno  već preko stotinu normirano reprezentiranih ontologija, zatim World Wide Web Consortiuma - poznatog W3C-a sa svojom Semantic Web Health Care and Life Sciences (HCLS) Interest Group  te mnogih drugih, zaista brojnih cenara koji rade na uspostavljanju i uvjeta za investicije u razvoj tzv. Sematičkog Weba.

Pozivajući na angažman svaku struku posebno, oni potiču premošćivanje posebnosti svake pojedinačne organizacije znanja. tzv. silosa znanja. najavljujući stvarnu promjenu paradigme obrazovnog sustava. Zahtijevajući uspostavljanje udružive forme zapisa podataka pristupačne kako čovjeku tako, svojim normiranim zapisom i mogućnostima algoritamskog povezivanja raznovrsnih podataka, oni pozivaju na gradnju danas jedino poznatog efikasnog pristupa on-line povezivanju znanja kompjutorskom, mrežnom brzinom, Međutim, taj angažman nije bez nedoumica i on zahtijeva i napore i znanja potrebna za izrade složenih proizvoda - ontologija, kojie naslijeđuju leksikone i tezauruse. Kako njihova gradnja počinje od filozofskog promišljanja a završava eksplicitnim terminološko-organizacijskim doprinosima lokalne zajednice (svake koja želi i sa vlastitim posebitostima funkcionirati u globalnim sustavima znanja), potrebna je nova razina informacijske pismenosti svih činitelja koji u svojim programima  planiraju  prezentiranje znanja. Efikasan razvoj, rad  i troškovi mnogih velikih sustava, a posebno zdravstvenog, znanstvenog i obrazovnog kao i transparentan rad vladinih organizacija, neposredno su ovisni o stupnju postignute udruživosti podataka i vjerodostojnom reprezentiranju znanja pa bi praksa i kultura korištenja te briga o lokanom doprinosu trebala ući u svakodnevnu metodologiju znanstvenog rada kako svake struke posebno tako i znanstveno-obrazovnog sustava u cjelini.  

Aktualno informacijsko on-line povezivanje znanja ovisno je o kategorizacijskom procesu i njegovom normiranom jezičnom reprezentiranju zasnovanom na  tzv. Resource Description Framework (RDF) modelu za razmjenu podataka putem Weba. Kako se može vidjeti iz priloga, instruktivan je uvid  u načine kako se iz tako normiranih zapisa  mogu lako generirati istoznačni vizualni terminološki prikazi odnosa, donekle i struktura odnosa njihovih značenja, u obliku otoka ili oblaka značenja pa i to web sjedišta često omogućuju ne bi li i na taj način olakšali cjelovitije snalaženje u poznatom dijelu prostora znanja.  Prilozi ističu i neke od prepreka o kojima izvještavaju suvremeni istraživači reprezentiranja znanja te pokušavaju skicirati i  svu zahuktalu obimnost kojom  svjetska zajednica pristupa uspostavi strojnog reprezentiranja znanja:
 

1. Upravo neurolozima vođenim trendom medicine zasnovane na dokazima te trendom globalnog povezivanjem objavljenih podataka do statistički značajnog broja, mogu biti upozoravajuće poteškoće o kojima su uslijed neudruživog nazivlja i oznaka lokacija izvjestili istraživači s vrhunskih svjetskih sveučilišta u radu usmjerenom ka primjeni neuroanatomskih ontologija za neuroimaging i označavanje eksperimentalnih podataka:

   Jessica A. Turner, Jose L. V. Mejino, James F. Brinkley, Landon T. Detwiler, Hyo Jong Lee1, Maryann E. Martone and Daniel L. Rubin: Frontiers in neuroinformatics: Application of neuroanatomical ontologies for neuroimaging data annotation, Vol. 4. june 2010. (pdf)

2. Web sjedište koje povezuje (trenutno) preko 100 biomedicinskih ontologija, a pruža i edukacijske sadržaje te pomoćne alate dobrodošle njihovu razvoju i održavanju:

   - Bioontology website (from The National Center for Biomedical Ontology  (NCBO) which is funded by the National Institutes of Health (NIH) and is part of the network of National Centers for Biomedical Computing).

   
   URL: http://www.bioontology.org/
    

3. Kroz ovu i slijedeće četiri godine Svjetska zdravstvena organizacija, koristeći tehnologije koje godinama razvija Stanford University, nastoji doradu Međunarodne klasifikacije bolesti u verziji 11 (ICD-11) podići na jedan sasvim novi nivo udruživosti i mrežne suradnje na principima semantiičkih tehnologija

   
   

   URL: http://sites.google.com/site/icd11revision/home
    
   

4. Često zatrpani podacima, da bi smo se lakše orijentirali u značenjskom prostoru, autori navedenog rada ponudili su korištenje semantičkog oblaka.

   
   URL: http://semanticcloud.sandra-siegel.de/
    

5. Evo i jednog "vizualnog" medicinskog rječnika:

URL: http://www.curehunter.com/public/dictionary.do

Zaključimo, jezik za opis reprezentiranog znanja - Ontology Web Language (OWL) sadrži elemente koji predviđaju dopunjanje ontologije sadržajima iz drugih jezika te pruža mogućnost  svakoj lokalnoj znanstvenoj zajednici vlastiti jezični priključak budućem on-line udruživom znanju. Organizira li se ona i s tim ciljem u vlastitom razvoju.